Nur wenige Wochen nach Ende des Zweiten Weltkrieges 1945 nahm Pfarrer Heinrich Grüber die Hilfsarbeit für die ehemaligen evangelischen Christen jüdischer Herkunft in Berlin in Räumen im Diakonissenhaus Bethanien in Berlin-Kreuzberg am Mariannenplatz 1-3 wieder auf. Da er damit an die Hilfsarbeit in der NS-Zeit anknüpfte, fügte er dem Namen „Evangelische Hilfsstelle“ in Klammern „(Büro Pfarrer Grüber)“ an.

Es standen nun die Betreuung der traumatisierten Überlebenden, die rechtliche und finanzielle Unterstützung bei Entschädigungsverfahren sowie die seelsorgerische Begleitung im Vordergrund.

Mit dem Kalten Krieg und der Teilung Deutschlands wurde die Hilfsstelle auch zum Brückenbauer im Kalten Krieg: Heinrich Grüber wurde 1949 zum Bevollmächtigten des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) bei der DDR-Regierung ernannt. Er versuchte jahrelang, zwischen Ost und West zu vermitteln. Es entstanden im Einsatz Grübers für Verständigung erneute politische Konflikte, sowohl mit der SED-Diktatur im Osten als auch mit der Bundesregierung im Westen. 1958 entzog die DDR ihm schließlich die Anerkennung als Verhandlungspartner. Der Bau der Berliner Mauer 1961 erschwerte die Arbeit zusätzlich, da Betroffene in Ost und West nunmehr unter völlig unterschiedlichen politischen Systemen lebten. Dennoch hielt die Hilfsstelle den sozialen Beistand in den Nachkriegsjahrzehnten aufrecht.

Die Wiedervereinigung beider deutscher Staaten im Jahre 1990 brachte erneute tiefgreifende Veränderungen. Die ehemals getrennten Strukturen und Akten der Hilfsstelle konnten wieder zusammengeführt werden. Gleichzeitig fiel der Blick verstärkt auf die historische Aufarbeitung, das Schicksal der im NS-Staat ermordeten Mitarbeitenden des Büros wurde in den 1990er- und 2000er-Jahren umfassend wissenschaftlich erforscht. 

Um das historische Erbe dauerhaft für die Zukunft zu sichern, wurde die Hilfsstelle in die heutige Stiftung Büro Pfarrer Grüber als eine private Stiftung bürgerlichen Rechts überführt.

Heute, im Jahr 2026, ruht die Arbeit auf zwei zentralen Säulen. Einerseits steht nach wie vor die soziale Fürsorge für die Betreuten der Stiftung im Vordergrund, andererseits widmet sie sich nunmehr auch verstärkt einer lebendigen Erinnerungskultur in Form moderner Aufklärungsarbeit gegen Rassismus und Antisemitismus, integriert in Bildungsarbeit für und mit nachfolgenden Generationen, und unterstützt wissenschaftliche Aufarbeitungen.